Diplômé en 1992 du Muséum national d’Histoire naturelle de Paris, avec une spécialisation en préhistoire, Yonas Beyene mène depuis lors des recherches archéologiques principalement dans les régions de Konso, Fejej, Chorora et Middle Awash, ainsi que sur de nombreux autres sites en Éthiopie. Il a publié de nombreux travaux et est membre de plusieurs académies scientifiques de renommée internationale.